La ocupación franquista abrió una nueva etapa de la historia del País Vasco. Duró casi cuarenta años. El régimen dictatorial construyó un Nuevo Estado de características totalitarias, en el que no cabía el pluralismo político. Imponía una única visión de España, uniformista: pocos días después de tomar Bilbao un decreto suprimió los Conciertos Económicos de Bizkaia y Gipuzkoa, como castigo a su posicionamiento republicano, alegando que habían «correspondido con la traición» y realizado «la más torpe política antiespañola». Quería aniquilarse cualquier valor distinto a la «unidad de destino» o a la «vocación de Imperio» con los que se identificaba a España.
En 1937 proseguía la guerra, fuera de las provincias vascas. Miles de vascos combatieron en ambos bandos hasta acabar la contienda en 1939. En el republicano, quienes seguían defendiendo la legalidad constitucional. En el sublevado, además de los partícipes de la rebelión, antiguos gudaris incorporados a la fuerza. Varios miles de vascos marcharon al exilio.
El gobierno personal de Franco se institucionalizó en abril de 1937. Un decreto unió en una misma organización a carlistas, Falange y monárquicos independientes. La Falange Tradicionalista y las JONS, el Movimiento Nacional, fue la base política de un régimen autoritario que diluyó las señas de identidad de sus componentes, si bien echó mano, según las circunstancias, de mensajes tradicionalistas, del fascismo de la Falange o del nacionalcatolicismo, que sirvió para legitimarlo desde que el episcopado bautizó como Cruzada la sublevación. El Nuevo Estado se construyó sobre la represión de los vencidos y con la hegemonía política de carlistas, falangistas y la derecha tradicional. La gran burguesía, que colaboró activamente en la victoria franquista, coparía el poder local, y no faltaron miembros de este grupo en la cúpula del Estado.
La industria vizcaína, prácticamente intacta, se puso al servicio de las necesidades del ejército franquista. Las fábricas de utilidad bélica contribuyeron decisivamente a inclinar la balanza militar del lado nacional, que se dotaba de mayor potencia industrial que sus oponentes. Los empresarios recuperaron sus empresas. Y el Fuero del Trabajo definió en 1938 las relaciones laborales del período franquista. Prohibía toda actividad sindical independiente. La Falange obtuvo el control de la única organización sindical, vertical, de adscripción obligatoria para empresarios y obreros.