Lógicamente los arqueólogos iniciaron sus excavaciones y estas se llevaron en un principio a cabo bajo la dirección del P.R. de Vaux, director de la Escuela Bíblica y Arqueológica Francesa de Jerusalén y G.L. Harding, director del Departamento de Antigüedades de Jordania. En esta primera etapa pudieron hallarse más de 600 fragmentos procedentes de más de 70 manuscritos, fragmentos de terracota y otros materiales.
La segunda etapa se dio entre los años 1951 y
1965, llegándose a la conclusión de que un asentamiento en
principio estable llamado "Comunidad del Qumrán" se había instalado
en aquella zona durante varios siglos.