Leur objectif : détruire un centre de recherche élaborant un nanovirus. Ils sont peu nombreux et faiblement armés, et les choses semblent mal commencer puisque Darman, l’expert en démolition, se voit séparé des siens au moment même de leur arrivée sur la planète. Même sa chance apparente, lorsqu’il rencontre la Padawan Etain Tur-Mukan, semble s’évanouir lorsque cette dernière lui avoue son inexpérience. Pour le clonetrooper et la jeune Jedi, un long et dangereux voyage se profile. Entre des esclavagistes Trandoshans, les Séparatistes et les indigènes locaux, un seul faux pas signifierait leur arrêt de mort. Pour n’importe qui, cette mission serait impossible… excepté pour un Commando de la République…

Afin d'obtenir un droit de passage sur les routes commerciales contrôlées par Jabba le Hutt, la République accepte d'aller secourir son fils. Serait-ce une volonté délibérée pour attirer les Jedi sur la planète éloignée Teth ? Anakin, ainsi que sa Padawan Ahsoka, le Capitaine Rex et un escadron de Clones, vont jusqu'au monastère B'omarr de Teth pour secourir le petit Hutt. Malheureusement, Anakin, Ahsoka, Rex et les clones sont assaillis par des droides de combats (contrôlés par le Général Grievous), alors qu'ils ont été traqués par la maléfique Asajj Ventress. Ils se retrouvent surpassés en nombre et en puissance. R2-D2 localise la porte d'une plateforme d'atterrissage qui pourrait les aider à s'échapper. Pendant ce temps, Obi-Wan apprend qu'Anakin et son équipe sont en danger et sous l'attaque des Séparatistes. Il se dépêche de les rejoindre, emmenant avec lui du renfort bien nécessaire...

Une session d'entrainement se transforme en action hostile grandeur nature lorsque qu'Anakin demande à Rex de s'occuper d'Ahsoka pour un moment afin qu'elle lui lâche un peu les baskets. Rex, Ahsoka et une escouade de jeunes clones de la Compagnie Torrent rejoignent le vaisseau d'assaut « Leveler » du Capitaine Gilad Pellaeon, tout juste remis à neuf afin d'y effectuer mission de reconnaissance de 72 heures. Cependant une urgence va mettre à l'épreuve l'entraînement de l'équipage lorsque le « Leveler » répond à un appel du Maître Djinn Altis, leader d'une secte Jedi dissidente. L'équipe du « Leveler » doit alors porter secours à un agent secret de la République dont la couverture a été dévoilée. Pour la première fois, Ahsoka apprend que la guerre contre les Séparatistes n'est pas simplement un affrontement entre clones et droïdes de combat, mais que parfois les ennemis sont de vrais êtres vivants.